[Sir Killerlott]

В Питере был неоднократно, очень нравится этот город. Первый раз лучше ехать от агентства, чтобы с группой без очереди проходить на экскурсии в музеи, т.к. простоять в очереди в Эрмитаж можно несколько часов.
Ну а если вы уже посмотрели экспозиции музеев или вообще не собираетесь их посещать, то лучше самим забронировать гостиницу - отдыхать в своё удовольствие и ни от кого не зависеть.
То, что самим ехать дороже - не правда. Ни одно агентство не забронирует вам номер дешевле, чем, если вы позвоните в конкретную гостиницу и закажете номер напрямую. По питанию ещё выгоднее получается: во-первых, агентства организуют питание, в основном, в дешёвых кафе, где качество блюд зачастую оставляет желать лучшего; во-вторых, не обязательно постоянно питаться в кафе и ресторанах, многие гостиницы предлагают постояльцам воспользоваться кухней, где можно самим приготовить еду.
Ехать, конечно, лучше на поезде, там хоть горизонтальное положение телу придать можно, нормально сходить в туалет, умыться, перекусить... да и безопаснее, чем на автобусе. Хотя, как говорится, на вкус и цвет....