Есть, и огромные
начиная от того что ява дырява как сыр) и заканчивая тем что там такой разброс и бардак со статами, а так же нескончаемы баги
ну и различия в онлайне которое может спокойно поддерживать сервер) ява не держит насколько я помню более 500 человек онлайна( может сейчас уже и больше) , а С4 птс может удерживать очень большое кол-во народа ( для пример можно взглянуть на 3 самых популярных фри сервера россии (Абус,Шок,Сушка)кстати эти серверы используют именно С4 ПТС,+ разроботки собственные)
Добавить еще к этому что ява серверы не очень популярны, и мое мнения из-за того что ну уж очень они плохо работают